Το ανοσοποιητικό σύστημα μπορεί ουσιαστικά να χωριστεί σε δύο μηχανισμούς, την Innate Immune Response (IIR) και την Adaptive Immune Response (AIR).
Το IIR προσφέρει άμεση προστασία από καθημερινά παθογόνα που μπορούν να μας εκθέσουν σε βλάβη. Ρυθμίζεται από μηχανικούς, χημικούς και ανατομικούς αμυντικούς μηχανισμούς. Είναι μια άκαμπτη απάντηση, που σημαίνει ότι είναι αδιάκριτη και δεν μπορεί να προσαρμοστεί, αλλά είναι πολύ αποτελεσματική στην καταστολή της αρχικής εξάπλωσης της λοίμωξης.Το IIR είναι η πρώτη μας γραμμή άμυνας ενάντια σε ένα παθογόνο (ιός ή βακτήρια), οπότε ένα πολύ λειτουργικό IIR θα πρέπει να σταματήσει μια λοίμωξη στα ίχνη του, ίσως προτού καν ξέρετε ότι το έχετε. Η πρώτη γραμμή άμυνας στο IIR είναι μηχανικά εμπόδια όπως το δέρμα σας και χημικά εμπόδια, όπως για παράδειγμα δάκρυα. Πιο βαθιά κάτω από την επιφάνεια, το IIR αποτελείται επίσης από πολεμιστικά κύτταρα με ονόματα όπως φυσικά δολοφονικά κύτταρα, ουδετερόφιλα, μακροφάγα και δενδριτικά κύτταρα. Αυτά ανιχνεύουν γρήγορα ένα ξένο σώμα και του επιτίθενται χωρίς διακρίσεις. Μια ποικιλία μελετών συνδέει τη μέτρια άσκηση με αύξηση της λειτουργίας IIR και μείωση της λειτουργίας IIR μετά από βαρύτερες περιόδους.
Η ανθρώπινη συμπεριφορά μπορεί να έχει δραματική επίδραση στην αποτροπή της παραβίασης των μηχανικών φραγμών του IIR. Δεν υπάρχουν πολλά που μπορείτε να κάνετε εάν κάποιος φτερνιστεί ή βήξει από πάνω σας, αλλά μπορείτε να πλένετε τα χέρια σας τακτικά και να αποφεύγετε να αγγίζετε το πρόσωπό σας, ιδιαίτερα το στόμα, τη μύτη και τα μάτια σας όπου τα παθογόνα μπορούν εύκολα να εισέλθουν στο σώμα. Εάν δεν έχετε εγκαταστάσεις να πλένετε τα χέρια σας τακτικά, απλώς μην αγγίζετε το πρόσωπό σας! Αυτή η απλή τροποποίηση της προσωπικής σας συμπεριφοράς θα μπορούσε να σώζει το ανοσοποιητικό σας σύστημα.
Το Adaptive Immune Response (AIR) είναι ένα πολύ πιο περίπλοκο ρυθμιστικό ανοσοποιητικό σύστημα που έχει την ικανότητα να μαθαίνει και να απομνημονεύει μεθόδους εξάλειψης παθογόνων από προηγούμενη έκθεση. Αποτελείται από ανοσοκύτταρα που ονομάζονται λεμφοκύτταρα, κυτοκίνες και αντισώματα που «μαθαίνουν» να περιέχουν ένα συγκεκριμένο παθογόνο. Εκτός από το ότι ο AIR έχει παρόμοιες προσαρμοστικές αποκρίσεις στην άσκηση, οι αθλητές μπορεί επίσης να έχουν μεγαλύτερη ικανότητα να εξαλείψουν τα παθογόνα λόγω της συχνής έκθεσης σε πιθανές λοιμώξεις που λαμβάνονται από κοινόχρηστο εξοπλισμό γυμναστικής, πισίνες και σωματική επαφή σε ομαδικά αθλήματα. Αυτές οι «αναμνήσεις» μπορούν να διαρκέσουν για πολλά χρόνια και έτσι επιτρέπουν στο ανοσοποιητικό σύστημα να μεταφέρει κύτταρα AIR στους λεμφαδένες όπου η αρχική φάση της επίθεσης μπορεί να ξεκινήσει ενάντια στη μόλυνση.
Το AIR είναι πολύ αργό για να αντιδράσει και μπορεί να χρειαστούν 4-7 ημέρες για να ανταποκριθεί, οπότε το σύστημα βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στο IIR για να κρατήσει τη λοίμωξη σε απόσταση, ή ακόμη και να την εξαφανίσει εντελώς πριν το αντιμετωπίσει. Όταν ο AIR έχει κατακτήσει μια λοίμωξη, εάν αντιμετωπίσει το ίδιο παθογόνο στο μέλλον, ο χρόνος απόκρισης είναι πολύ πιο γρήγορος και αντιμετωπίζεται γρήγορα. Το ανθρώπινο σώμα είτε θα έχει ανοσοποιηθεί από τη συγκεκριμένη μόλυνση ή θα βιώσει μια πολύ πιο ήπια ασθένεια.